按照2024中國足協杯賽制安排，南京城市隊將從足協杯第三輪開始參賽，首戰將在5月17日至5月19日之間進行，對手將會在深圳吉祥、內蒙古草上飛以及廣西藍航中產生。如果南京城市隊取勝，下一輪將在6月21日至6月23日之間進行，主場迎戰中超球隊滄州雄獅。

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